Ecco, cercando di essere il più conciso possibile, le mie linee guida in proposito:

1) eliminare il superfluo.
Ok, fa figo arrivare con una portaerei come pedaliera e dentro milioni di effetti. Lo spazio occupato e' una variabile molto importante da considerare, sia perché non sempre avrai a disposizione una prateria per creare la tua postazione, sia perché una pedaliera molto estesa diventa difficile da spostare (se lunga oltre i 100 cm potrebbe essere un problema piazzarla nel baule di alcune auto) e, soprattutto, pesante (un pedale mediamente pesa 400gr… già eliminarne 3 significa portarsi in giro oltre un chilogrammo in meno). Quindi… via tutto quello che non ti e' strettamente necessario. Quel chorus può essere fantastico, ma se non lo usi mai, tiralo via. Magari lo reinserirai, ma se ora non ti serve, lascialo a casa! Anche ottimi pedali, se inutilizzati, diventano solo un peso (soprattutto da portare in giro) e occupano spazio.

2) Avere una prima idea della catena da implementare
Quando ci si accinge a creare la propria pedalboard a partire dagli effetti a disposizione, e' opportuno avere già in testa una prima idea di come posizionare i pedali… l'ordine in cui debbano essere inseriti nella catena, eventuali problemi di coesistenza, linee di alimentazione, priorità, ergonomia. Una volta progettato quell'ordine, ottimizzarlo e ripensarne gli elementi. L'ordine dei pedali sta al vostro gusto / esigenze.

3) Ragionare sull'ergonomia della propria pedaliera
Questo e' un discorso da fare soprattutto quando si usano più file di pedali. E' importante avere un'idea chiara da subito su cosa si intende suonare o come utilizzare gli effetti. I pedali più usati dovrebbero essere posizionati il più vicino possibile e, in particolare, il più usato dovrebbe essere al centro della prima fila, in modo da averlo sempre a portata di piede (per esempio nella mia pedalboard al centro c'e' il loop selector).
Fondamentale anche ragionare sul posizionamento dei pedali che necessitano interazione via piede e quindi avere un secondo piede su cui fare appoggio, come ad esempio pedali volume, wah, pedali d'espressione. Soprattutto il wah, nel caso ne abbiate uno nella vostra pedaliera, necessita di poter avere il piede di appoggio (per intenderci, quello su cui state in equilibrio ed avete portato tutto il peso mentre con l'altro gestite il pedale) abbastanza vicino. Non posizionateli quindi mai troppo lontano da dove effettivamente poi starete col piede di appoggio… altrimenti la posizione di utilizzo potrebbe non essere ottimale e ridurre l'angolo di utilizzo.
Se si dispone su più file la catena, e' opportuno ragionare sulla "cliccabilita'" degli switch… per esempio un pedale posizionato sopra il wah sarà difficilmente raggiungibile in condizioni normali. Inoltre, e' fondamentale verificare che l'interazione con l'effetto non crei problemi agli altri (per esempio se per attivarlo si rischia di cambiare la configurazione dei potenziometri).

4) Ragionare sulle linee di alimentazione
Un pedale, salvo alcune eccezioni (per esempio quelli valvolari), normalmente consumano poche decine / centinaia di milliampere (normalmente si va da meno di un centinaio ai 400 milliampere). E' comunque sconsigliato usare una sola linea di alimentazione ed un solo alimentatore per tutti gli effetti. Molto meglio mettere più alimentatori in parallelo in base alle loro caratteristiche e, possibilmente, scegliere quelli che possono offrire linee di alimentazione completamente isolate ed indipendenti. Sconsiglio vivamente di mettere più di 5 o 6 effetti per linea di alimentazione.
Ovviamente, anche le linee di alimentazione devono essere ottimizzate in modo da evitare giri e cavi inutili e isolando gli effetti che possono creare più rumore sulla linea di alimentazione dagli altri.
Mi sembra inutile specificare che e' fondamentale avere cura di evitare qualsiasi rischio di creare dei cortocircuiti o situazioni che portino al contatto diretto con la corrente elettrica (per esempio abbiate cura eliminare tutti gli elementi che potrebbero incidere i cavi di alimentazione o comunque isolarli).

5) Ottimizzare la catena in modo da essere modificabile e manutenibile
La pedalboard e' un progetto in divenire. Quando si sceglie come posizionare un effetto, tenere sempre presente la possibilità di dover intervenire sullo stesso o sui suoi cavi in modo semplice e rapido (evitando per esempio che sostituire un cavo danneggiato significhi smontare mezza pedaliera o che per sostituire la batteria di un effetto significhi staccarne altri 3 o 4).

6) Fascettare i cavi / usare passacavi
Evitare che i cavi siano troppo liberi usando fascette (meglio quelle di velcro, facilmente apribili e riutilizzabili) o passacavi, in modo da evitare che si danneggino negli spostamenti o che possano finire dove non debbano trovarsi (per esempio sotto il wah o i pedali di espressione).

7) Buffer
Soprattutto quando si usano pedaliere molto lunghe e complesse, e' opportuno inserire uno o più buffer in posizioni strategiche. C'e' chi, come Cornish, ne mette uno per ogni singolo effetto. Vi risparmio la teoria (che potete comunque trovare in un interessantissimo articolo sul sito dell'appena citato Pete Cornish) Sarebbe opportuno averne almeno uno ad inizio catena ed altri posizionati vicino ad effetti mangiasegnale o problematici (per esempio prima o dopo una catena di effetti Boss) o alla fine della catena.
Attualmente, per esempio, io uso un Carl Martin Buff Deluxe, che incorpora due buffer. Uno l'ho posizionato ad inizio catena (riceve il segnale dal volume pedal e lo spedisce alla catena), l'altro alla fine (riceve il segnale dalla loop station e lo invia all'amplificatore)

8) Annotare le principali configurazioni dei pedali
E' opportuno, una volta trovata una configurazione di un pedale, annotarsela… durante gli spostamenti e' facile che i potenziometri si spostino. Basta anche un pezzettino di nastro carta attaccato sull'effetto

9) Loop diversi -> colori diversi
Se si usano dei line/loop selector, e' opportuno rendere i diversi loop di effetti facilmente riconoscibili e comprensibili. La cosa migliore e' usare cavi di colori diversi per ogni loop (per esempio tutti cavetti rossi per il loop#1, blu per il loop#2 e così via).